Přesné datum vzniku kostela sv. Ducha i přilehlého minoritského kláštera není známo. Klášterní řádová kronika z roku 1827 na základě starších zpráv datuje vznik kláštera rokem 1234 a za jeho zakladatele označuje (údajného) opavského knížete Mečislava II. Barokní řádová tradice spojuje vznik kláštera s piastovským knížetem Mečislavem II. a s rokem 1238, jehož fundaci údajně o rok později potvrdil český král Václav I. Žádné středověké prameny však o datech 1234 nebo 1238 a ani o knížeti Mečislavovi jako o zakladateli opavského minoritského kláštera a kostela nic neví. Je však možné, že se v těchto zkomolených informacích ozývá reálná zmínka o působení minoritů v Opavě už ve 30. letech 13. století. Samotný klášter v Opavě však vznikl teprve ve druhé polovině 40. let 13. století a poprvé se v pramenech zmiňuje 3. dubna 1250, kdy byl na provinciální kapitule v Hradci Králové opavský minoriotský konvent přijat mezi kláštery česko–polské provincie. Za možného fundátora kostela je pak v literatuře uváděn tehdejší moravský markrabě Přemysl. Výstavba kostela pokračovala a pravděpodobně už v roce 1265 (toho roku se v přilehlém klášteře konala kapitula česko-polské minoitské provincie), nejpozději pak do roku 1269 byl dokončen reprezentativní kostelní presbytář.

V roce 1724 jsem od jeho důstojnosti pana P. Crysanta, kvardiána minoritského kláštera v Opavě, dostal zakázku na fresku v tamním kostele. Bylo za to smluveno 1100 zl. Byl jsem s tím za jedno léto hotov.